La gestion de l'eau se fait en fonction d'unités hydrologiques ou hydrogéologiques cohérentes, soit le "bassin versant" pour les eaux de surface, soit "l'aquifère" pour les eaux souterraines. Elle ne peut être cohérente aux échelles administratives (pays, régions ou districts, départements ou blocs, communes) même si ces organes constituent les niveaux de gouvernance de l'eau.

Un bassin versant ou bassin hydrographique est le bassin fluvial d'un cours d'eau. Il représente le territoire dans lequel toutes les précipitations drainent (ou s'écoulent) dans le même système fluvial (un cours d'eau et ses affluents). Son contour est délimité par des frontières naturelles, les crêtes des sommets (que l’on appelle la "ligne de partage des eaux").

Un aquifère est une nappe d'eau souterraine libre ou captive plus ou moins profonde. La quantité d'eau qu'il emmagasine dépend de la nature du sol, de sa porosité et de  sa perméabilité à l'eau. Ainsi le sable est perméable à l'eau qui s'infiltre dans les pores entre les grains de sable. L'argile est imperméable et constitue souvent la base des aquifères.